Modelado Molecular de Sistemas de Interés Biológico

Somos un grupo que nos dedicamos al estudio diversos sistemas de interés biológico por técnicas de simulación computacional. En particular estudiamos macromoléculas biológicas, su interacción con otras y/o con moléculas pequeñas.

Temas de investigación

Uso de herramientas de simulación computacional para el estudio de la relación estructura-función de metaloproteinas. En esta temática trabajamos con dos objetivos. A) Elucidar el mecanismo de inhibición de enzimas relacionadas a la resistencia bacteriana. Diseño racional de inhibidores. B) comprender el efecto de modificaciones postraduccionales en la actividad catalítica de proteínas de interés para la salud.

Estudios teóricos y espectroscópicos de la activación de pequeñas moléculas oxigenadas por complejos biomiméticos de metaloenzimas.

Estudios del procesamiento de microARN en plantas mediante técnicas de simulación computacional.

Técnicas empleadas

Simulaciones de dinámica molecular, docking, simulaciones híbridas QM-MM, realidad virtual, modelado estructural.

Director del grupo

Dr. Diego Moreno

Sede CCT-Rosario

moreno@iquir-conicet.gov.ar

Tel.: +54 341 5288779

Laboratorio Int.: 810

Investigadoras/es

Salvador Drusin, Asistente

Becarias/os

Gianfranco Frattini, Becario Doctoral, CONICET

Juan Luis Puzzolo, Becario Doctoral, CONICET

Micaela Bruno, Becaria Doctoral, CONICET

Tesinistas

Denise Poire (Lic. En Biotecnología)

Publicaciones seleccionadas

A. Colque et al. Longitudinal Evolution of the Pseudomonas-Derived Cephalosporinase (PDC) Structure and Activity in a Cystic Fibrosis Patient Treated with b-Lactams, mBio, 2022, https://doi.org/10.1128/mbio.01663-22

Richezzi, J. Ferreyra, J. Puzzolo, L. Milesi, C. M. Palopoli, D. M. Moreno, C. Hureau, S. R. Signorella. “Versatile Activity of a Copper(II) Complex Bearing a N4-Tetradentate Schiff Base Ligand with Reduced Oxygen Species” European Journal of Inorganic Chemistry, 2022, e202101042 https://doi.org/10.1002/ejic.202101042

Hinchliffe, D. M. Moreno, M. A. Rossi, M. F. Mojica, V. Martinez, Valentina Villamil, B. Spellberg, G. L. Drusano, C. Banchio, G. Mahler, R. A. Bonomo, A. J. Vila, and J. Spencer, “2Mercaptomethyl Thiazolidines (MMTZs) Inhibit All Metallo-β-2 Lactamase Classes by Maintaining a Conserved Binding Mode”, ACS Infect. Dis., 2021, 7, 9, 2697–2706 https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.1c00194

Cortés Rodríguez, G. Frattini, L. F. Krapp, H. Martinez-Hung, D. M. Moreno, M. Roldán, J. Salomón, L. Stemkoski, S. Traeger, M. Dal Peraro, and L. A. Abriata, “MoleculARweb: A Web Site for Chemistry and Structural Biology Education through Interactive Augmented Reality out of the Box in Commodity Devices” J. Chem. Educ., 2021, 98, 7, 2243–2255 https://doi.org/10.1021/acs.jchemed.1c00179

A. Rossi, V. Martinez, P. Hinchliffe, M. F. Mojica, V. Castillo, D, M. Moreno, R, Smith, B,d Spellberg, G, L. Drusano, C, Banchio, R, A. Bonomo, J, Spencer, A. J. Vila* and G. Mahler*, 2-Mercaptomethyl-thiazolidines use conserved aromatic–S interactions to achieve broad-range inhibition of metallo-β-lactamases†, Chem. Sci., 2021, 12, 2898–2908 https://doi.org/10.1039/D0SC05172A

A.M.L. Rojas, S.I. Drusin, U. Chorostecki, J.L. Mateos, B.Moro, N.G. Bologna, E. G. Bresso, A. Schapire, R.M. Rasia, D.M. Moreno, and J.F. Palatnik, “Identification of key sequence features required for microRNA biogenesis in plants” Nature Comm., 2020, 11:5320 https://doi.org/10.1038/s41467-020-19129  

I. Osella, M. O. Salazar, M. D. Gamarra, D. M. Moreno, F. Lambertucci, D. E. Frances, R. L. E. Furlan. “Arylsulfonyl histamine derivatives as powerful and selective α-glucosidase inhibitors†” RSC Med. Chem., 2020, 11, 518-527 https://doi.org/10.1039/C9MD00559E

S I. Drusin, R M.  Rasia, D. M. Moreno* “Study of the role of Mg2+ in dsRNA processing mechanism by bacterial RNase III through QM/MM simulations” Journal of Biological Inorganic Chemistry, 2020, 25, 89–98 https://doi.org/10.1007/s00775-019-01741-7  

L. Puzzolo, S. I. Drusin, V. A. Daier, S. Signorella and  Diego M. Moreno* “Using theoretical calculations to predict the redox potential of mononuclear manganese complexes”, New J. Chem, 2018, 42, 14827-14831 https://doi.org/10.1039/C8NJ03254H

J. González, C. Stival, J. L. Puzzolo, D. M. Moreno, and A. J. Vila. “Mechanisms of Resistance Shaping Substrate Selectivity in a Broad-Spectrum Metallo-β-Lactamase”. Antimicrob. Agents Chemother., 2018; 62:4 https://doi.org/10.1128/AAC.02079-17

M.N. Lisa, A.R. Palacios, M. Aitha, M.M. González, Diego M. Moreno, Michael W. Crowder, Robert A. Bonomo, James  Spencer, David L. Tierney, , Leticia I. Llarrull and Alejandro J. Vila., “A General Reaction Mechanism for Ca arbapenem Hydrolysis by Mono and Binuclear Metallo-βlactamases.”, Nature Comm., 2017, 8:538, https://doi.org/10.1038/s41467-017-00601-9  

Morán-Barrio, M.N. Lisa, N. Larrieux, S. I. Drusin, A. M. Viale, D. M. Moreno, A. Buschiazzo and A. J. Vila. “Crystal Structure Of The Metallo-Beta-Lactamase GOB In The 2 Periplasmic Di-Zinc Form Reveals An Unusual Metal Site” Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2016, 60 (10), 6013-6022 https://doi.org/10.1128/AAC.01067-16

A. Daier, E. Rivière, S. Mallet-Ladeira, D. M. Moreno, C. Hureau and S. R. Signorella. “Synthesis, Characterization and Catalytic activity of Imidazolate-Bridged and Schiff-Base Dinuclear Complexes as Models of Cu,Zn-SOD. A Comparative Study.” J. Inorg. Biochem., 2016, 163, 162-175. https://doi.org/10.1016/j.jinorgbio.2016.07.008

Demicheli, D. M. Moreno, G. E. Jara, . Lima, S. Carballal, N. Ríos, C. Batthyany, Ferrer-Sueta, C. Quijano, D. A. Estrin, M. A. Martí and R. Radi. “Mechanism of the Reaction of human Mn-Superoxide Dismutase with Peroxynitrite: Nitration of Critical Tyrosine-34”. Biochemistry, 2016, 55 (24), 3403–3417 https://doi.org/10.1021/acs.biochem.6b00045

I. Drusin, I. P. Suarez, D. F. Gauto, R M. Rasia and D. M. Moreno* “dsRNA-protein interactions studied by molecular dynamics techniques. Unravelling dsRNA recognition by DCL1.” Arch. Biochem. Biophys. 2016, 596, 118-125. https://doi.org/10.1016/j.abb.2016.03.013